Comandado pelo técnico Tite, o Internacional ficou próximo de ser eliminado na primeira fase da Copa do Brasil de 2009. Na ocasião, o Colorado jogou contra o União-MT e foi surpreendido na partida disputada fora de casa.
Na época, o Clube do Povo viajou para Rondonópolis com força máxima, apenas sem o camisa 10 Alex, que estava machucado. O Internacional ainda tinha um fator positivo a favor, já que boa parte da cidade era gaúcha e tinha o Colorado como time do coração.
Mesmo jogando com as condições a favor, o Internacional foi derrotado por 1 a 0 na primeira partida da Copa do Brasil. O jogo também foi o primeiro resultado negativo do Colorado em 2009, já que o time estava invicto no Gauchão, com seis vitórias e dois empates.
O União tinha a vantagem do empate na volta e uma vitória por 1 a 0 do Inter levava o confronto para os pênaltis. O vencedor enfrentaria o Guarani, que superou o JMalucelli por 2 a 0 e se classificou sem a necessidade de um confronto na volta.
Na segunda partida contra o União, disputada no Beira-Rio, o Internacional venceu por 2 a 0 e não sofreu sustos no confronto. Índio abriu o placar aos 20 minutos do segundo tempo e Alecsandro complementou para garantir a classificação.
Inter ficou próximo da Copa do Brasil 2009
O Internacional se classificou contra o União-MT e ainda derrubou Guarani, Náutico, Flamengo e Coritiba. O Colorado chegou na final da competição do torneio contra o Corinthians, mas ficou em segundo lugar.
Na ida, o Alvinegro superou o Clube do Povo por 2 a 0. Na volta, no Beira-Rio, as duas equipes empataram em 2 a 2 e o Corinthians ficou com o título.